民國九十年桃芝颱風過境期間，濁水溪出現驚人的洪流，由於河防設施加強及民國八十三年起推動的第一、二期濁水溪疏濬計畫，達到預期效果，減輕洪災程度。唯上游段高山地質因地震後土石鬆散造成嚴重土石流，洪流挾帶數量龐大土石嚴重淤塞並衝擊河道，造成河防構造物嚴重損壞，本局隨即完成堤防搶險長度2603公尺、護岸2240公尺，並積極趕辦堤防搶修長度3840公尺、護岸5275公尺。另辦理緊急疏濬河道整理，共計疏濬土石量達10,016,763立方公尺，有效減少並防範土石災害。