組織架構：
本分署經數次修正組織規程，而依據現行之組織規程。其組織架構及編制如下，本分署設四科四室分別為： 規劃科、工務科、管理科、資產科、秘書室、人事室、 主計室、政風室。
各科室業務：
[各科室業務事項表]
| 負責科室 |
負責業務 |
| 工務科 |
1、 轄區內河、海堤工程之測設、發包、興建等防洪治理相關事宜。
2、 轄區災害緊急搶修險及復建工程。
3、 防汛工作。
4、 易淹水治理計畫工程。 |
| 管理科 |
1、 濁水溪河川區域及彰化海堤管理巡防。
2、 河川疏濬及疏濬土石標售業務。
3、 濁水溪河川區域及彰化海堤一般使用、種植、土石採取等許可申請核辦。
4、 濁水溪河川區域及彰化一般性海堤違法案件處理。
5、 濁水溪河道揚塵防治及地下水補注簡易設施。
6、 防汛及愛護河川宣導。 |
| 規劃科 |
1、 水文、規劃基本資料之觀測、調查、研究及資料之統計分析與管理。
2、 河川整體治理計畫及海岸防護等之規劃。
3、 防汛資料之蒐集、統計及相關業務。
4、 易淹水治理計畫規劃及治理計畫。 |
| 資產科 |
1、 水利工程用地調查、徵收、價購及管理。
2、 公有土地撥用。
3、 水利用地管理、河川私有地處理、重劃業務配合執行、都市及非都市土地使用計畫變更。
4、 資訊業務。 |
| 秘書室 |
文書收發、檔案管理、財產物品管理、員工薪資發放、包商請款、出納業務、辦公廳舍管理、採購業務、器材之供應、支配及運輸保管、機具 儀器之管理維護、技工駕駛工友之人事管理、大事記編寫、研究發展考核業務及不屬於其他課室承辦之業務等。 |
| 主計室 |
辦理歲計、會計、統計等事項。 |
| 人事室 |
辦理有關人事行政各項業務。 |
| 政風室 |
辦理有關政風各項業務。 |