治水：推動流域綜合治水，降低淹水災害及損失
採取措施：
1. 流域整體規劃，配合國土計畫檢討，規劃管理洪泛區及滯洪區。
2. 推動防洪、排水及禦潮工程，揉入自然工法。
3. 強化防災、避災教育，健全水利災害搶救機制、洪水預警等非工程防洪措施。
利水：確保水源穩定供應，提升水資源使用效益
採取措施：
1. 改善現有工業用水設施運用效率。
2. 與治山單位配合加強上游集水區保育及水源涵養。
親水：落實河川及海岸環境改善規劃近自然親水空間
採取措施：
1. 重視河川及海岸資源調查及保育工作。
2. 重視河川及海岸復育與空間利用推動。
3. 重視河川及海堤區域管理與宣導活動。
活水：配合推動回收再生利用，促進水源供應多元化
邁入二十一世紀的台灣水利，未來將朝向二大方向努力：
1.「涵育水土，永續經營質優量豐之水資源」
2.「治理河海，維護創造自然多樣之水環境」
本分署對濁水溪水系治理策略，乃配合流域整體規劃，採取治理與管理並重，生態工程與環境共融，期能以「導川引滯」、「鐘水豐物」，人水相容的境界。