本局所轄管之清水溪流域流幅遼闊，行經嘉義、雲林、南投等縣市，自民國88年921大地震後，集水區內崩坍地面積不斷擴大，山區豪大雨將崩坍之土石挾帶而下造成河道大量淤積，每逢颱風豪雨即可能釀災，本局為疏導水流及增加通洪斷面，提高河防安全，近年來持續辦理疏濬作業中。
清水溪與阿里山溪匯流口上游河段，自98年莫拉克颱風後河道仍有明顯淤積情形，造成水流左右擺盪、易攻擊河岸邊坡及河防構造物，危及道路及河防構造物安全。爰此，本局於本(105)年度除持續在本地區辦理河道疏濬之外，更聆聽地方及村里志工之建議，於清水溪水流偏右易攻擊河岸山壁處，施作岸邊培厚、前方並輔以大塊石鞏固保護作為第一道防線，並將水流導向河心，以期降低洪水對邊坡及河岸之破壞。
105年9月莫蘭蒂、馬勒卡颱風相繼襲台，集水區內強降雨造成清水溪河道水位暴漲，所幸河道內培厚及拋石保護工及時發揮功效，遏止洪水沖刷掏空右岸河岸、避免災情發生，亦獲得當地居民及村里志工一致好評。汛期仍未結束，本局仍將秉持水利署各級長官一貫訓示「毋恃敵之不來，恃吾有以待之」之精神，持續為河道整治及守護百姓而努力。