民國八十八年九月二十一日集集大地震，本局轄內災情慘重，除辦理堤防搶險長度1265公尺、護岸2765公尺及堤防復建長度8532.5公尺、護岸4945公尺外，另雲林縣古坑鄉草嶺村，發生歷來最大規模之崩山，崩塌之大量土石阻斷清水溪，阻斷長度約5公里，高度約40～50公尺，並於崩塌區上游形成一處堰塞湖。本局奉示以「整體安全」作為最高治理原則，前後歷經緊急災害處理，並完成22件緊急因應措施諸如：航測影像處理、地質調查、淹沒區警戒範圍測定、緊急溢流水道開設及固床工、枋子崙坡面處理、下游梳子壩工程、對策評估、警報工程及相關因應工程等。草嶺堰塞湖後經桃芝、納莉等颱風侵襲後，蓄水量驟減成約為原蓄水量之1/45，對下游水患之威脅大為減輕，未來仍將秉持安全原則持續進行密切監控。